Pilihan bahan baku pupuk organik dan pupuk bioorganik dapat berupa berbagai macam kotoran ternak dan sampah organik.Formula dasar produksi bervariasi tergantung jenis dan bahan bakunya;Bahan baku dasarnya adalah : kotoran ayam, kotoran bebek, kotoran angsa, kotoran babi, kotoran sapi dan domba, jerami tanaman, lumpur penyaring industri gula, ampas tebu, sisa gula bit, biji-bijian penyuling, sisa obat, sisa furfural, sisa jamur, kacang-kacangan. kue, kue biji kapas, kue lobak, arang rumput, dll.